Para la realización de esta función, he utilizado 3 archivos: index.html, newcss.css y newjavascript.js.
La animación consiste en 2 botones: uno para iniciar la animación (que consiste en ocultar y mostrar un div, una y otra vez) y otro para pararla.
Podemos ver el código y la ejecución en el siguiente enlace: http://jsfiddle.net/oaperezp01/3yV7M/6/